Η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας έκρινε ότι συνταγματικά και νόμιμα προβλέπεται ο εκκλησιασμός και η πρωινή προσευχή των μαθητών των νηπιαγωγείων και των δημοτικών σχολείων, ενώ παράλληλα έκρινε ότι αντισυνταγματικά και αντίθετα στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), δεν προβλέπεται νομοθετικά η δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό των μαθητών νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων για λόγους θρησκευτικής συνείδησης.
Αναλυτικότερα, την Ολομέλεια του ΣτΕ την απασχόλησε αίτηση με την οποία ζητείτο η ακύρωση του Προεδρικού Διατάγματος 79/2017 που αφορά την «οργάνωση και λειτουργία νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων», κατά το μέρος εκείνο με το οποίο προβλέπεται η τέλεση κοινής προσευχής μαθητών και εκπαιδευτικών των νηπιαγωγείων και των δημοτικών σχολείων, καθώς επίσης και κατά το σκέλος εκείνο με το οποίο προβλέπεται η δυνατότητα εκκλησιασμού των μαθητών, στο πλαίσιο συγκεκριμένων εορτών.
Η Ολομέλεια του ΣτΕ (πρόεδρος ο Αθανάσιος Ράντος και εισηγήτρια η σύμβουλος Επικρατείας Παρασκευή Μπραίμη) με την υπ΄ αριθμ. 942/2020 απόφασή της, έκρινε -σύμφωνα με σχετική ανακοίνωση του ΣτΕ- και σε συνέχεια παλαιοτέρων αποφάσεων της, ότι «η προσευχή και ο εκκλησιασμός στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής διαδικασίας συνιστούν, όπως και η διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών, αναγκαία μέσα, με τα οποία υπηρετείται ο συνταγματικός σκοπός της αναπτύξεως της θρησκευτικής συνείδησης των Ελλήνων κατ' άρθρο 16 παράγαρφος 2 του Συντάγματος.
Ακόμη, αναφέρεται στην δικαστική απόφαση, ότι «ως εκ τούτου, απευθύνονται αποκλειστικά στους μαθητές που ασπάζονται το Ορθόδοξο Χριστιανικό δόγμα και όχι στους ετερόδοξους, αλλόθρησκους ή άθεους μαθητές».
Οι τελευταίοι -συνεχίζει το ΣτΕ- «που απολαμβάνουν το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, η οποία κατοχυρώνεται στο άρθρο 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος, έχουν ευθέως βάσει της συνταγματικής αυτής διατάξεως, δικαίωμα απαλλαγής από την προσευχή και τον εκκλησιασμό, χωρίς καμία δυσμενή συνέπεια, εφ' όσον οι γονείς τους υποβάλουν δήλωση ότι δεν επιθυμούν, για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, να συμμετέχουν τα τέκνα τους στην προσευχή και τον εκκλησιασμό» (υπήρξε μειοψηφία ως προς το θέμα αυτό, χωρίς όμως περαιτέρω διευκρινίσεις από την ανακοίνωση του ΣτΕ).
Ακόμη όπως μεταδίδει το ΑΜΠΕ, αναφέρεται στην απόφαση του ΣτΕ, ότι «νομίμως προβλέπεται, κατ' αρχήν, στο προσβαλλόμενο Προεδρικό Διάταγμα, ο εκκλησιασμός και η πρωινή προσευχή των μαθητών των νηπιαγωγείων και των δημοτικών σχολείων», ενώ αντίθετα αναφέρεται ότι κατά παράβαση του άρθρου 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος και των άρθρων 9 της ΕΣΔΑ και 2 του Πρώτου Πρόσθετου Πρωτόκολλου της ΕΣΔΑ δεν προβλέπεται η δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό μαθητών νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, κατόπιν σχετικής δήλωσης των γονέων τους.
Ακόμη, σύμφωνα με την απόφαση του ΣτΕ, «κατά παράβαση των ίδιων διατάξεων, προβλέπεται η δυνατότητα απαλλαγής από την πρωινή προσευχή μόνο των μαθητών άλλου δόγματος και όχι και άλλων μαθητών (άλλου θρησκεύματος, άθεων, αγνωστικιστών) που έχουν λόγους θρησκευτικής συνείδησης για απαλλαγή».
Κατόπιν αυτών, η Ολομέλεια του ΣτΕ ακύρωσε μερικά το προσβαλλόμενο υπ. αριθμ. 79/2017 Προεδρικό Διάταγμα.